W pełnym akcji świecie, w którym nauka i magia współistnieją ze sobą w ciągłym napięciu, Kamijou Touma, licealista posiadający niezwykłą zdolność niwelowania wszelkich nadprzyrodzonych mocy, ponownie znajdzie się w centrum wydarzeń grożących zakłóceniem kruchych relacji między magicznymi i naukowymi frakcjami. Po raz kolejny spotyka tajemniczą dziewczynę Index, posiadaczkę ogromnej kolekcji zakazanych magicznych ksiąg ukrytych we własnym umyśle. Konflikt narasta, gdy mroczne tajemnice ujawniają się zarówno w magicznych kościołach, jak i w naukowym Mieście Akademickim, a Touma musi stanąć przeciwko groźnym przeciwnikom gotowym poświęcić wszystko dla swych celów. Łącząc elementy fantasy, akcji i komedii, „Toaru Majutsu no Index II” kontynuuje historię zmagań z siłami nadnaturalnymi oraz pokazuje, jak daleko można się posunąć, aby chronić tych, na których zależy nam najbardziej.