Druga odsłona anime „Tokyo Mew Mew New” to pełna akcji kontynuacja losów dziewczyn znanych jako Mew Mew, które po udanym starciu na Tokyo Tower odnawiają siły w spokoju. Ichigo Momomiya i Masaya Aoyama niedawno wyznali sobie uczucia i teraz Ichigo nie może doczekać się spędzenia czasu ze swoim nowym chłopakiem. Jednak ten krótki odpoczynek zostaje przerwany i dziewczyny muszą ponownie stawić czoła Chimera Anima. Gdy sytuacja komplikuje się podczas kolejnej walki, Ichigo znalazła się w poważnym niebezpieczeństwie.
W najtrudniejszym momencie, na scenę wkrocza tajemniczy Błękitny Rycerz, który ratuje Ichigo, twierdząc, że urodził się, aby ją chronić, po czym znika. Z zagadkowym zaginionym rycerzem i ciężarem odpowiedzialności za los świata na ramionach, Mew Mew muszą pogodzić walkę z obcymi i swoje prywatne życie.