„Tokyo Underground” to tajemnicza, niewidzialna dla wielu świat pod stolicą Japonii, w której mieszkają osoby znane jako Użytkownicy Żywiołów. Posiadają oni zdolność kontrolowania sił natury: ognia, wody, błyskawic, magnetyzmu czy zimna. Spotkajcie Ruminę Asagi i jego najlepszego przyjaciela Ginnosuke Isuzu – dwóch przeciętnych uczniów liceum z Tokio. Wszystko zmienia się, gdy poznają Użytkownika Grawitacji, Chelsea Rorec i Miko Życia, Ruri Sarasa. Ich spokojne życie przekształca się w pełną przygód odwilż.