„Top Secret: The Revelation” to futurystyczna historia osadzona w świecie, gdzie nowa technologia MRI pozwala analizować mózgi zmarłych, przypominając wspomnienia świadków i ofiar przestępstw. Pomimo że ta zaawansowana technologia pomaga rozwiązać wiele morderczych zagadek, rodzi ona liczne kontrowersje etyczne. Sekcja Dziewiąta – działy policyjne odpowiedzialne za prowadzenie śledztw – stoi w obliczu nacisków mediów i rządu. Do zespołu dołącza świeżo upieczony absolwent akademii policyjnej, Ikkou Aoki, który ma zastąpić zmarłego przyjaciela Tsuyoshi Maki – Katsuhiro Suzuki. Gdy zaczynają dostrzegać powiązania między zamkniętymi sprawami, a tą dotyczącą śmierci Suzuki, Sekcja Dziewiąta musi stawić czoła największemu wyzwaniu w swojej historii.