„Trinity Seven” to niezwykła opowieść o Aracie Kasudze, który staje w obliczu katastrofalnego zjawiska znanego jako „Breakdown Phenomenon”, które niszczy jego miasto i zmusza do zniknięcia wszystkich jego mieszkańców. Dzięki magicznemu księgozbiorowi otrzymanemu od swojej kuzynki i przyjaciółki z dzieciństwa, Hijiri Kasugi, świat Araty zostaje sztucznie odbudowany. Przybycie Lilith Asami sprawia, że jego sztuczny świat nagle się rozpada. Arata stoi przed dwoma wyborami: oddać księgę lub zginąć. Wybiera jednak trzecią opcję- zapisuje się do tajnej szkoły magii Royal Biblia Academy, gdzie spotyka sześcioro innych użytkowników magii, razem z Lilith tworzą Trinity Seven, elitę szkoły. Z pomocą swoich nowych przyjaciół i dążeniem do ocalenia Hijiri, Arata nie cofa się przed niczym, aby zapobiec zniszczeniu swojego ukochanego miasteczka i przywrócić swoją najlepszą przyjaciółkę.