„Uchuu Kaizoku Captain Herlock” to historia, która rozgrywa się w 2977 roku, gdy ludzkość stała się stagnacyjna. Wszystkie prace wykonują roboty, a ludzie zaś są uspokajani przez subliminalne przekazy. Kapitan Herlock sprzeciwia się temu otępiającemu stylowi życia, prowadząc grupę rebeliantów do bardziej przygodowego życia na pokładzie statku kosmicznego Arcadia.
Gdy na Ziemię najeżdża tajemnicza siła zwana Mazone, przejmując postać tajemniczych kobiet w pelerynach, które zabijają każdego, kto podejrzewa ich podstępne działania, do akcji wkracza młody Tadashi Daiba. Po tym, jak jego ojciec naukowiec zostaje zignorowany przez rząd i zabity przez Mazone, Tadashi dołącza do Kapitana Herlocka i jego grupy piratów, aby pomóc im uratować ludzkość przed nadciągającym zagrożeniem obcych.