„Uchuu Senkan Yamato” to historia z 2199 roku, kiedy ludzkość stoi na granicy wyginięcia z powodu zaawansowanej technologii obcych – rasy Gamilon, która zagraża Ziemi. Sytuacja wydaje się beznadziejna, aż do chwili, gdy Królowa Starsha z planety Iscandar oferuje pomocną dłoń. Klucz do zwycięstwa leży w urządzeniu Cosmo-Cleaner D, które może neutralizować promieniowanie niszczące Ziemię. Zdobycie go wymaga jednak niebezpiecznej podróży do Iscandar, 148 000 lat świetlnych stąd. Cały ciężar losu ludzkości spoczywa na załodze ocalonego okrętu z II wojny światowej – Kosmicznego Pancernika Yamato.