„Uchuu Taitei God Sigma” to futurystyczna opowieść z roku 2050, w której ludzkość rozwija swoją technologię kosmiczną. Nagle ziemia zostaje niespodziewanie zaatakowana przez tajemniczego wroga, siły Eldar, które przybyły z roku 2300. Eldarzy próbują ukraść Trinity Energy, tajemniczą energię używaną w broni ludzi, mającą moc wielokrotnie większą niż bomba wodorowa. Celem Eldarów jest odzyskanie kontroli nad jednym z księżyców Jowisza, Io, który został skolonizowany przez ludzi. Toshiya i jego przyjaciele wykorzystują God Sigma, aby bronić planety i Trinity Energy, co prowadzi do długotrwałej wojny o odzyskanie Io.