„UFO Senshi Dai Apolon” to historia o 16-letnim chłopcu o imieniu Takeshi, który niedawno założył drużynę futbolu amerykańskiego w sierocińcu BlueSky. Pewnego dnia ich gra zostaje przerwana przez światło na niebie. Takeshi odkrywa, że jest synem króla planety Apolon, który został potajemnie przeniesiony na Ziemię przez sługę swojego ojca, Rabi, aby uniknąć śmierci z rąk Generała Dazaan. Okazuje się, że Takeshi posiada szczególne zdolności energii, które pozwalają mu kontrolować latające spodki z dna oceanu, które mogą przekształcić się w roboty zsynchronizowane z ich ruchami.