„Ultraman Sezon 2” to ekscytująca kontynuacja przygód znanych z poprzedniej serii bohaterów. Gdy na Ziemi dochodzi do globalnego zjawiska masowych zniknięć, Rena i Shinjirou też nagle znikają. Tymczasem niezależny dziennikarz – Kotaro Higashi – próbuje rozwikłać tajemnicę tych zdarzeń. Za sprawą kosmicznej organizacji terrorystycznej Dark Star, Ziemia staje przed dylematem: przekazać połowę planety lub połowę populacji. W tym samym czasie Rena i Shinjirou zostają przeniesieni na statek Dark Star. Kotaro, który dowiaduje się zbyt wiele, wpada w konflikt między Dark Star a SSSP, niemal tracąc życie. W decydującej bitwie 6 bohaterów Ultraman, w tym Ultraman, Seven i Taro, wspomaganych przez Zoffy’ego, Jacka i Ace’a, stawi czoła gigantycznemu mecha, niszczącemu miasto.