„UQ Holder! Mahou Sensei Negima! 2” to opowieść o Touta Konoe – zwykłym chłopcu z niewielkiego miasteczka, którego życie radykalnie zmienia się, gdy jego mentorka, Yukihime, okazuje się wampirem. Po uratowaniu Touta przed śmiertelną raną, czyni go niesmiertelnym. Gorący pragnienie odkrycia świata prowadzi młodego Touta do spełnienia swojego marzenia: wspięcia się na szczyt Amanomihashira – wieży prowadzącej do kosmosu. W trakcie podróży odkrywa tajne stowarzyszenie, pełne niesmiertelnych jak on, zwane „UQ Holders”. Gromadząc nowych towarzyszy i wiedzę, Touta rozpoczyna swoją unikalną, magiczną przygodę.