„Utopa” to dystopijny film anime, który przenosi nas w przyszłość, setki lat po dwudziestym wieku, gdzie natura i ekosystem zostały zdewastowane przez użycie broni jądrowej i biologicznej. Albowiem większość Ziemi jest skażona i pogrążona w ruinie, ludzkość zbudowała miasta na niebie, migrując tam zagrożone gatunki zwierząt i roślin. Dzięki sztucznemu krzyżowaniu genotypów, zwierzęta nabyły zdolność mówienia, chodzenia na dwóch nogach i zbudowały własną cywilizację. Pewnego dnia dzieci Kui, Hiruma i Root odkrywają pojedyncze nasiono rośliny, co prowadzi ich do zdecydowania się na przygodę w świecie poniżej, nieświadome, że raz postawiwszy stopę na ziemi, nie będą mogły już powrócić.