„Vexille: 2077 Nihon Sakoku” to alternatywny obraz 21. wieku, w którym przemysł robotyczny gwałtownie rozwinął się na całym świecie. Japonia staje się liderem technologii i produkcji robotów. Rozwój technologii wprowadza usprawnienia dla ciała ludzkiego, co prowadzi do zacierania granic między człowiekiem a maszyną. W odpowiedzi na to, ONZ wprowadza zakaz dalszych badań i rozwoju robotyki; Japonia stanowczo protestuje, lecz na próżno. W proteście wycofuje się z polityki międzynarodowej i wybiera strategię wysokotechnologicznej izolacji. Po dziesięciu latach, amerykańska agencja policji technologicznej SWORD zaczyna podejrzewać, że Japonia tajemniczo rozwija zakazane technologie. Agentka Vexille wraz z grupą specjalistów zostaje wysłana do Japonii, aby zdobyć informacje.