„Weiß Kreuz Glühen” to anime osadzone w Koua Academy, miejscu zgromadzenia najbardziej utalentowanych ludzi i studentów z Japonii. Misją akademii jest kształcenie utalentowanych ludzi, którzy będą w przyszłości liderami świata. Niestety, wskaźnik samobójstw w akademii dramatycznie wzrósł, a dostępne publicznie informacje są skąpe.
Fujimiya Aya zostaje wysłany do infiltrowania tej szkoły, aby przeprowadzić śledztwo kryminalne, pod przebraniem nauczyciela. Istnieje bowiem związek pomiędzy akademią a często występującymi na świecie działaniami terrorystycznymi. Hidaka Ken i Kudou Youji również zostają wysłani na tę misję, aby odkryć prawdę i powiązania zdarzeń w Koua Academy.