„Witch Craft Works” to historia Honoki Takamiyi, zwykłego ucznia liceum, której okazało spokojne i leniwe życie ulega wielkiej zmianie, kiedy pewnego dnia zostaje zaatakowany przez nieznaną czarownicę. Zaskakująco, ratuje go Ayaka Kagari, popularna „księżniczka” szkolna, która okazuje się być czarownicą ognia. Odkrywamy, że jej tajemnicza misja polega na ochronie Honoki. Od tego dnia Honoka zostaje wplątany w wojnę pomiędzy dwoma rodzajami czarownic – warsztatowymi, starającymi się ochraniać obywateli, a wieżowymi, które pragną ukraść tajemniczą moc ukrytą w Honoce.