Rok 1999. Zbliża się koniec tysiąclecia, a z nim narasta napięcie zwiastujące ostateczną bitwę decydującą o przyszłości ludzkości. W centrum wydarzeń staje młody Kamui Shirou, którego przeznaczenie zachwieje losem świata. Przepełniony bólem po stracie bliskich, Kamui musi dokonać wyboru pomiędzy dwoma przeciwnymi stronami konfliktu: Smokami Nieba, pragnącymi ochronić ludzkość i Ziemię, a Smokami Ziemi, dążącymi do oczyszczenia planety ze szkodliwego wpływu człowieka. Akcja osadzona jest w mrocznej, współczesnej wizji Tokio, gdzie tajemnice i nadprzyrodzone moce decydują o przyszłości. Ton serii jest poważny, nasycony symboliczną i tajemniczą atmosferą oraz głębią emocjonalną bohaterów stojących wobec nieuniknionego przeznaczenia.
