„Yajikita Gakuen Douchuuki” to opowieść o dwóch uczennicach drugiego roku szkoły średniej, Shinokita Reiko i Yajima Junko, które przemierzają szkoły, walcząc z niedobitkami, ninja, yakuza i korupcją. W jednej z szkół napotykają na tajne bractwo ninja i skorumpowaną administracyjnie, jak również tragiczną śmierć z odległej przeszłości. Dzięki pomocy Kotetsu, doświadczonego ninja, przywracają porządek, ale nie bez pozostawienia za sobą kilku złamanych serc.