„Yamato Takeru: After War” to kontynuacja klasycznej serii anime, rozgrywająca się trzy lata po decydującej bitwie kończącej poprzednią część. Pokój powrócił do krainy, a Takeru, Oto i ich przyjaciele powracają do swojej wioski, spędzając dni w szczęściu. Jednak pewnej nocy ich spokój burzy niespodziewany atak Shuranoo sterowanego przez Mikazuchi. Takeru nie ma wyboru – musi reaktywować uspionego Susanoo. Ale to jest dopiero początek nowego zagrożenia i Takeru musi przezwyciężyć samego siebie, jeśli chce uratować Oto.