„Yotsunoha” to opowieść o reaktywacji przyjaźni czwórki przyjaciół z dzieciństwa – Yuzuki, Matsuri, Nono i Makoto. Spotykają się na opuszczonym terenie swojej starej szkoły, Akademii Mochitsuki. Trzy lata wcześniej, pod jednym z drzew na terenie szkoły, zakopali kapsułę czasu i złożyli obietnicę. Obietnicę spotkania się ponownie w dokładnie trzy lata od tamtego dnia. A dzień obiecany wreszcie nadszedł.