„Youkai Watch: Shadow Side” to kontynuacja czwartej części słynnego anime, skupiająca się na 11-letnim Keisuke Amano – młodszym bracie Natsume. Chłopiec, nigdy nie wierzący w zjawiska nadprzyrodzone, zaczyna podejrzewać, że jego siostra wraca do domu późno z powodów innych niż domowe obowiązki. Po kilku śledztwach odkrywa jej tajemnicę – wraz ze swoimi przyjaciółmi Touma i Akinori prowadzi agencję detektywistyczną poświęconą egzorcyzmowaniu złych Youkai. Natsume, zdradzona przez brata, pozwala mu dołączyć do jej misji, prowadząc walkę o utrzymanie pokoju w mieście, walcząc z przestępczością Youkai.