„Freedom” toczy się w 2041 roku na Ziemi, która po upadku stacji kosmicznej Freeport doznała „Wielkiego Kataklizmu”, niszczącego jej środowisko naturalne. Losy ludzkości zaciskają się w zrujnowanym, zanieczyszczonym krajobrazie, gdzie przetrwanie oznacza konflikt o zasoby. Nadzieja na przetrwanie istnieje na bazie księżycowej, która z punktu migracyjnego do misji na Marsa, szybko przekształca się w pełnoprawne miasto – „Miasto Edenu”.
Główny bohater, Takeru, jest jednym z wielu obywateli Eden w 2267 roku. Uczestniczy w „Wyścigach Rur” między gangami, używając pojazdów przypominających poduszkowce. Po spowodowaniu wypadku podczas wyścigu, Takeru zostaje skazany na pracę społeczną poza miastem. W trakcie odbywania kary natrafia na szczątki, które mogą odkryć prawdę o powstaniu Ziemi i Edenu.