„Gakuen Babysitters” to wzruszająca historia o nastolatku, Ryuichi Kashima, który po stracie rodziców w katastrofie lotniczej zostaje opiekunem swojego młodszego brata Kotarou. W ich życiu pojawia się Youko Morinomiya, surowa przewodnicząca elitarnej akademii, która postanawia przygarnąć braci pod jeden warunek – Ryuichi musi zostać opiekunem w przedszkolu szkolnym. Oprócz troski o młodszego brata, Ryuichi musi teraz opiekować się też grupą małych dzieci o żywołowych osobowościach.