Akcja anime „High School Fleet” osadzona jest w alternatywnej rzeczywistości, w której znaczna część Japonii znalazła się pod wodą, a morze stało się ważnym elementem codziennego życia. W tej rzeczywistości powstały szkoły wyspecjalizowane w kształceniu młodych dziewcząt na przyszłych marynarzy, którzy chronią kraj przed różnymi zagrożeniami.
Historia skupia się na Akeno Misaki, młodej i pogodnej dziewczynie, której marzeniem jest zostanie kapitanem. Wraz ze swoją szkolną załogą obejmuje kierowanie szkolnym niszczycielem „Harekaze”. Jednak podczas pierwszego rejsu treningowego dochodzi do tajemniczego incydentu, który powoduje, że dziewczęta zostają ogłoszone zbuntowanymi i zmuszone są walczyć o oczyszczenie swego imienia oraz honoru szkoły.
„High School Fleet” to połączenie przyjaźni, humoru, emocjonujących walk morskich oraz tajemnicy. Bohaterki stają w obliczu wielu wyzwań, rozwijając swoje umiejętności, zacieśniając więzi przyjaźni i odkrywając znaczenie odpowiedzialności oraz pracy zespołowej.
