„Geisters: Fractions of the Earth” to anime osadzone w postapokaliptycznym świecie, gdzie resztki ludzkości podzieliły się na dwie odmienne frakcje dla przetrwania – arystokratyczne Dobias, które uciekły w kosmos i ziemskie Shioru, które schowały się pod ziemię. Po stuleciach, powracają na powierzchnię Ziemi, starając się przejąć kontrolę nad planetą i walczyć z nowym gatunkiem drapieżników zwanym „Creatures”. Wojnę frakcji komplikuje funkcjonujący wśród nich elitarny zespół pięciu żołnierzy Geisters, który broni ludzkości zarówno przed Creatures, jak i przed sobą nawzajem. Wszystko zaczyna się komplikować jeszcze bardziej, gdy do zespołu dołącza limitka z Shioru o silnym charakterze, a napięcie między Dobias i Shioru zaczyna narastać na arenie politycznej podczas rosnącej fali ataków Creatures i tajnego rozwijania nowej, niebezpiecznej broni.