Młody chłopak imieniem Tetsurou podróżuje wraz z tajemniczą kobietą o imieniu Maetel na legendarnej kolejce kosmicznej Galaxy Express 999, przemierzając niezliczone gwiezdne szlaki w stronę odległej planety. Na pokładzie ekspresu pracuje Clair, młoda i delikatna dziewczyna wykonana z czystego szkła, której nietypowa forma kryje w sobie smutną tajemnicę i subtelne marzenia. Wzruszająca i introspektywna opowieść przedstawia podróż bohaterów przez niezwykły kosmos pełen zarówno ciepłych, jak i tragicznych doświadczeń. Krótkie chwile spotkań i rozmów z Clair stają się dla Tetsurou okazją do refleksji o istocie ludzkich uczuć, pięknie życia i ulotności samego istnienia. Melancholijny, emocjonalny klimat produkcji porusza kwestie samotności, poświęcenia i poszukiwania własnego sensu w rozległej galaktyce.
