W odległej rzeczywistości cyfrowej zwanej „Skrzynką mądrości” istnieje świat sztucznej inteligencji, w którym dwie dziewczyny-programy — Dual i Dorothy — walczą przeciwko wirusom i błędom, które zagrażają porządkowi danych i pamięci ludzkości. Codzienność ich misji radykalnie się zmienia, gdy podczas jednej misji znajdują tajemniczą dziewczynę o imieniu Remo. Remo posiada szczątkowe wspomnienia o miejscu zwanym „Kwiatowym Ogrodem” oraz niejasne poczucie celu, którym jest „pragnienie powrotu”. Dual i Dorothy decydują się pomóc dziewczynie odkryć prawdę o jej pochodzeniu, co prowadzi je do zagadki ukrytej głęboko w świecie danych. Wraz z odkrywaniem tajemnic przeszłości, bohaterki mierzą się z pytaniami o prawdziwą istotę swojej egzystencji, przyjaźni oraz granic pomiędzy sztuczną inteligencją i rzeczywistością. Glass no Hana to Kowasu Sekai to połączenie dramatycznej opowieści, sentymentalnej atmosfery oraz refleksji nad przyszłością i znaczeniem wspomnień.
