„Granblue Fantasy The Animation” to przepiękna opowieść, która przenosi nas do świata pełnego unoszących się wysp. Bohaterem jest chłopiec o imieniu Gran i gadający skrzydlaty jaszczur Vyrn, którzy mieszkają na pełnej tajemnic wyspie Zinkenstill. Pewnego dnia spotykają dziewczynę o imieniu Lyria, uciekinierkę z Erste Empire, militarnej organizacji dążącej do podporządkowania sobie całego świata. Aby uciec przed Imperium, Gran i Lyria wyruszają w podróż po niezbadanych przestworzach, kierując się listem pozostawionym przez ojca Grana, który mówi: „Będę na Ciebie czekał na Estalucia, Wyspie Gwiazd”.