„Grisaia no Kajitsu” to historia o Yuuji Kazami, uczniu przeniesionym do akademii Mihama. Jego marzeniem jest prowadzenie zwyczajnego życia licealisty, ale marzenie to może się nie spełnić, ponieważ Akademia Mihama jest zupełnie inna. Składa się tylko z dyrektora i pięciu innych uczniów, wszystkie są dziewczynami. Yuuji poznaje każdą z nich, odkrywając więcej o ich osobowościach. Powoli zaczyna dowiadywać się prawdy o tej małej grupie uczniów – każdy z nich ma swoje traumatyczne doświadczenia, które ukrywa przed światem. Akademia Mihama działa jako dom dla tych dziewczyn, są one „owocem”, który spadł z ich drzew i zaczął się psuć. Yuuji ma zostać katalizatorem, który uratuje je przed samymi sobą, ale jak może uratować innych, gdy sam nie jest w stanie uratować siebie?