Po ataku terrorystycznym, który radykalnie zmienia japońską politykę bezpieczeństwa, powstaje specjalistyczna szkoła Mihama—placówka przyszłościowa, mająca szkolić elitarne agentki ds. operacji specjalnych. Anime śledzi historię kilku uczennic Mihamy, w tym skupionej i profesjonalnej Reny Fukami oraz pełnej energii, choć tajemniczej Tohki Shishigayi. Dziewczęta codziennie mierzą się z ekstremalnymi zagrożeniami, jednocześnie radząc sobie z demonami swej traumatycznej przeszłości.
Gdy szkoła Mihama zostaje uwikłana w nową, mrożącą krew w żyłach misję, agentki muszą wykorzystać całe swoje szkolenie, by zapobiec katastrofie i obronić własne życie. Splatając emocjonalne wątki postaci z dynamiczną akcją i ponurymi tajemnicami, „Grisaia: Phantom Trigger The Animation” jest opowieścią nie tylko o walce, lecz także o przyjaźni, lojalności, pokonywaniu bólu oraz odnajdywaniu swego miejsca na świecie.
