Akcja Guilty Crown rozgrywa się w niedalekiej przyszłości, w Japonii zdziesiątkowanej przez wirusa zwanego „Lost Christmas”. Kraj znajduje się pod kontrolą międzynarodowej organizacji GHQ, która sprawuje władzę za pomocą militarnych represji. Bohaterem historii jest nastolatek Shu Ouma, zamknięty w sobie chłopak, którego spokojne życie zmienia się, gdy spotyka tajemniczą dziewczynę o imieniu Inori Yuzuriha, wokalistkę znanego zespołu i aktywistkę grupy oporu Funeral Parlor. W wyniku splotu dramatycznych wydarzeń Shu otrzymuje niezwykłą moc o nazwie „Void”, pozwalającą mu na wydobywanie broni i umiejętności z ciał innych osób. Teraz musi stanąć przed trudnymi wyborami, zdecydować po czyjej stronie stanie i nauczyć się kontroli nad konsekwencjami swoich działań. Guilty Crown to pełen akcji, dramatyczny serial, utrzymany w poważnym, dystopijnym tonie, dotykający kwestii wolności, lojalności i ceny podejmowanych decyzji.
