„Gunslinger Stratos The Animation” to anime osadzone w 2115 roku, kiedy to Japonia przemieniła się w tzw. „17. Dalekowschodni Okręg Zarządzania Miastem”. Obiecano obywatelom spokojne życie w zamian za część dotychczasowych wygód. Nikt jednak nie przewidywał, że społeczeństwo to czeka nieuchronna zguba. Młody student, Tohru Kazasumi, zostaje wplątany w interunwersalną walkę między jego światem a równoległym światem „Frontier S (Stratos)”. Bez wyjątku wszyscy, łącznie z Tohru, są zmuszeni do walki z alternatywnymi wersjami siebie. Czy oba światy kiedykolwiek odnajdą pokój?