„Hadashi no Gen 2” to opowieść, która toczy się trzy lata po zbombardowaniu Hiroszimy, gdzie główny bohater, Gen, jest teraz uczniem czwartej klasy. Hiroszima jest wciąż w ruinie, a Gen musi zbierać złom, aby pomóc utrzymać siebie i swoją pozostałą rodzinę. W tym trudnym świecie, Gen i Ryuta zaprzyjaźniają się z grupą sierot, wśród których jest dziewczynka ze szpecącymi bliznami poparzeń. Włączają do grupy również starszego pana cierpiącego na depresję, tworząc rodzaj improwizowanej rodziny. Mimo wsparcia, rzeczywistość jest brutalna – wiele sierot umiera w samotności, a przypomnienia o tragicznych wydarzeniach ciągle są obecne.