„.hack//Roots” to anime rozgrywające się w świecie wirtualnej rzeczywistości MMORPG zwanej The World R:2, sequelu oryginalnej gry „The World”. Historia skupia się na młodym graczu Haseo, który już podczas pierwszego logowania spotyka na swojej drodze PKerów – graczy zabijających innych użytkowników. Po tym zdarzeniu poznaje tajemniczego Ovana, który wprowadza go do gildii „Twilight Brigade”. Wraz z jej członkami, w tym Sakisaką, Tabby oraz Shino, Haseo rozpoczyna poszukiwania mistycznego przedmiotu znanego jako „Klucz Zmierzchu”.
Jednak przedsięwzięcie to szybko staje się niebezpieczne, gdy wpływowa gildia „TaN” zaczyna zakłócać ich działania, poszukując unikalnych danych postaci Ovana. Kiedy Shino wpada w śpiączkę w realnym świecie na skutek ataku tajemniczego PKera, Haseo determinowany odnaleźć sprawcę popada w obsesję, zdobywając siłę, która stopniowo zaczyna go pochłaniać.
Anime osadzone jest w mrocznej atmosferze przepełnionej akcją, psychologicznym napięciem oraz dramatycznymi konsekwencjami przenikania się świata realnego z wirtualnym.
