„.hack//Roots” to anime o wciągającym świecie wirtualnej rzeczywistości, ukazujące losy Haseo – nowicjusza w popularnej grze MMORPG „The World R:2”. Na początku, Haseo zdobywa nowych przyjaciół, ale szybko stają się oni celem brutalnej zabawy. Ocalony przez tajemniczego, jednorękiego gracza o imieniu Ovan, Haseo zaczyna rok pełen spokoju w grze. Jednak kiedy postać jego przyjaciółki, Shino, zostaje zabita przez notorycznego Tri-Edge, znanego z wprowadzania swoich ofiar w śpiączkę w świecie rzeczywistym, Haseo przysięga go odnaleźć i pokonać. „.hack//Roots” pokazuje pierwszy rok Haseo w „The World”, zanim Tri-Edge burzy jego spokój.