Akcja „Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen – Zetsubou-hen” dzieje się przed wydarzeniami znanymi z pierwszej gry i stanowi prequel wyjaśniający początki jednego z największych dramatów świata Danganronpy. Uczniowie wyjątkowej Akademii Hope’s Peak to młode talenty, którym przyszłość powinna przynieść wielkie sukcesy oraz nadzieję na lepszy świat. Jednak mroczne siły manipulacji, zdrady i zawiści zaczynają przenikać mury szkoły, prowadząc wprost do narodzin tragedii znanej później jako Największa, Najstraszniejsza, Najbardziej Tragiczna Udręka w Historii. W centrum wydarzeń znajduje się młoda dziewczyna o imieniu Chisa Yukizome, nauczycielka pragnąca chronić ukochanych uczniów przed nadciągającymi zagrożeniami. Seria przedstawia stopniową przemianę radości i nadziei w chaos oraz wyniszczającą rozpacz. Pełen napięcia thriller psychologiczny, wypełniony tajemnicami i zwrotami akcji, ukazuje jak cienka może być granica pomiędzy nadzieją a absolutnym upadkiem.
