„Iriya no Sora, UFO no Natsu” to historia o zwyczajnym licealiście, Asabie Naoyuki. Jako członek klubu prasowego w swojej szkole, spędził lato obserwując tajemniczą bazę wojskową, mając nadzieję dostrzec UFO, o których mówi miejscowa legenda. Po powrocie do szkoły, spotyka dziwną dziewczynę, Iriyę Kanę. Stopniowo zaczyna dostrzegać, że jest ona więcej niż tylko dziwna – a za światem, który zna, kryje się mroczny sekret.