„Koukyoushihen Eureka Seven Hi-Evolution 2: Anemone” skupia się na historii dziewczyny o imieniu Anemone, która straciła ojca w bitwie w Tokio siedem lat przed rozpoczęciem fabuły filmu. Jej jedynym wsparciem emocjonalnym stały się pluszowy Gulliver i AI z imieniem Dominikids. Obecnie jest kluczowym elementem strategii eksperymentalnej jednostki „Acid” do walki z siódmym Eureka, „Eureka Seven”, wrogiem ludzkości, który zabił 2,6 miliarda ludzi. Na krawędzi przetrwania, cała ludzkość pokłada nadzieję w Anemone, która wnika głęboko do wnętrza Eureka Seven.