Po dramatycznym finale wydarzeń w oryginalnej serii, Edward Elric zostaje uwięziony w równoległym świecie przypominającym Ziemię początku XX wieku, konkretnie w Niemczech lat 20. XX wieku. Pozbawiony alchemii, młody Edward desperacko stara się znaleźć drogę powrotną do swojego świata, do brata Alphonsa, którego musiał opuścić. Tymczasem w obu światach narastają napięcia, a ambitna grupa okultystów i wojskowych przygotowuje się, by odkryć drogę do legendarnej krainy Shamballi w nadziei zdobycia mistycznej mocy. Edward zmuszony jest zmierzyć się z nowymi wrogami oraz własnymi przeszłymi demonami. „Fullmetal Alchemist: The Conqueror of Shamballa” to pełne napięcia kino akcji, mistycyzmu i dramatu, opowiadające o poszukiwaniu drogi powrotnej, sile braterskich więzi oraz konsekwencjach dążenia do zakazanej wiedzy.
