„Anne Happy♪” to historia o uczennicach elitarnej Akademii Tennomifune, które, o ironio, uczęszczają do tzw. „Klasy Szczęścia”. Każda z nich zmaga się z osobistymi nieszczęściami, a specjalnie zaprojektowany program nauczania ma na celu pomóc im poradzić sobie ze swoimi problemami i osiągnąć prawdziwe szczęście. Po przyjęciu do Akademii, An Hanakoizumi, Ruri Hibarigaoka i Botan Kumegawa dołączają do Klasy Szczęścia, z powodu swojego pechowego losu, problemów z miłością i złym zdrowiem. Wraz z kolegami z klasy, dają z siebie wszystko, aby pokonać trudności na drodze do pełni życia pełnego radości.