Jest rok 2312. Po czteroletniej nieobecności, tajemnicza paramilitarna organizacja Celestial Being powraca, aby kontynuować walkę o zakończenie konfliktów zbrojnych na świecie. Pod przywództwem Setsuny F. Seieia oraz uzbrojeni w jeszcze bardziej zaawansowane technologicznie mobilne jednostki bojowe—Gundamy—pilotów czeka nowa, pełna wyzwań misja przeciwko bardziej bezwzględnej i potężniejszej niż dotąd federacji militarnej znanej jako A-Laws. Konflikt szybko nabiera dynamiki, gdy wychodzą na jaw prawda i intencje kryjące się za globalnymi manipulacjami politycznymi. Setsuna, zdeterminowany do realizacji ideałów o świecie bez wojen, jest zmuszony ponownie skonfrontować swoje przekonania ze skomplikowaną rzeczywistością, w której linia pomiędzy dobrem a złem coraz bardziej się zaciera. W atmosferze pełnej napięcia, dramatycznych pojedynków oraz pytań o moralność i cenę pokoju, losy świata znajdują się ponownie w rękach garstki pilotów oraz ich legendarnych Gundamów.
