Sho Fukamachi nadal zmaga się z niebezpieczną tajemnicą tytułowego bio-pancerza Guyver, potężnej broni organicznej o niezwykłych zdolnościach. Po dramatycznych i szokujących wydarzeniach pierwszej części, Sho wraz z przyjaciółmi usiłuje odkryć prawdziwe cele złowrogiej organizacji Chronos, która pragnie kontrolować moc Guyvera do własnych celów. W obliczu rosnących zagrożeń, mutujących monstrów Zoanoidów oraz tajemniczych sił ukrytych w cieniu, Sho musi pogodzić odpowiedzialność wynikającą z potężnej broni, którą nosi, ze zwyczajnym życiem nastolatka. Czeka go nie tylko brutalna walka o przetrwanie, ale również wewnętrzne batalie o zachowanie własnego człowieczeństwa. Kyoushoku Soukou Guyver II utrzymany jest w tonacji mrocznego science fiction z wyraźnie zarysowaną akcją oraz intensywnymi scenami walki – kontynuując wciągającą opowieść pełną tajemnic, zdrad i zawrotnej akcji.

