W 2008 roku wojna domowa pomiędzy frakcjami ONZ a antyrządowymi siłami nabiera tempa, wprowadzając świat w nową erę konfliktów wykorzystujących zaawansowaną technologię. Pilot Shin Kudou, postać młodego, utalentowanego lotnika, zostaje zestrzelony i ląduje na tajemniczej wyspie Mayan na południowym Pacyfiku. Mieszkańcy wyspy pielęgnują prastare wierzenia i legendy dotyczące „ptaków ludzi”, a ich ziemie okazują się nieoczekiwanie miejscem interesów obu stron konfliktu, związanego z pradawną, obcą technologią.
Shin szybko staje wobec dylematu moralnego i kulturowego zderzenia rzeczywistości wojny oraz tradycji tubylców. Poznaje Sarę Nome, lokalną szamankę, co prowadzi do bliższego poznania tajemnicy wyspy oraz prawdziwego znaczenia wojny, w której uczestniczą ludzie. „Macross Zero” to anime wypełnione intensywnymi pojedynkami powietrznymi, futurystyczną technologią, mistycznymi wątkami oraz stonowaną refleksją nad sensem konfliktu i tożsamości kulturowej.
