„Mahou Shoujo Lyrical Nanoha: Reflection” to opowieść o Kyrie Florian pochodzącej z umierającej planety Eltria. Zdesperowana dziewczyna wyrusza na Ziemię, by znaleźć sposób na ocalenie swojego chorego ojca i ojczyzny. Ląduje w świecie młodocianych obrończyń magicznej Ziemi – Nanoha Takamachi, Fate Testarossa i Hayate Yagami. Kyrie musi zdobyć od nich klucz do uratowania ojca, niezależnie od tego, jak trudne to jest. Sytuację komplikuje pojawienie się na Ziemi starszej siostry Kyrie, Amitie, z zamiarem zatrzymania siostry i zabrania jej z powrotem do domu. Czy Kyrie uda się spełnić swoje zamierzenia?