Ziemię atakują istoty z niezwykłego świata, zwane Disas, przynosząc chaos i zagładę. Aby powstrzymać inwazję, ludzkość zostaje uratowana przez grupę młodych dziewczyn obdarzonych magicznymi mocami — tzw. magiczne dziewczyny. Dzięki ich heroicznej walce świat odzyskuje pokój, lecz z czasem ujawnia się okrutna cena zwycięstwa.
Trzy lata później Asuka Ootorii, jedna z bohaterek tamtej wojny, próbuje prowadzić normalne życie licealistki. Jednak wspomnienia o brutalnych walkach wciąż ją prześladują, a nowe zagrożenie czyhające w cieniu zmusza ją do powrotu na pole bitwy. Zmagająca się z traumą Asuka ponownie musi chwycić za broń, aby ocalić przyjaciół i udaremnić działania organizacji terrorystycznych wykorzystujących mroczną magię.
„Mahou Shoujo Tokushusen Asuka” ukazuje antyutopijną, pełną przemocy rzeczywistość, w której magia miesza się z wojskową brutalnością, a bohaterki muszą znaleźć odwagę do walki nie tylko z wrogami, ale także z własnymi demonami.
