„Mahouka Koukou no Yuutousei” to fascynująca opowieść z czasów, kiedy „prawdziwa magia” stała się powszechną technologią na całym świecie. Dwójka utalentowanych rodzeństwa – Miyuki i Tatsuya Shiba – zostaje przyjęta do pierwszej Krajowej Szkoły Magii. Szkoła podziela swoich uczniów na dwie grupy, Kurs 1 i Kurs 2, na podstawie wyników egzaminu wstępnego. Tatsuya jest przyjęty do Kursu 2, natomiast jego siostra Miyuki dołącza do Kursu 1, jako studentka z wyróżnieniem. Pomimo że Tatsuya jest uważany za nieudolnego, Miyuki dąży do pokazania, że jest on jednym z najlepszych magów na świecie.
„Mahouka Koukou no Yuutousei” przedstawia historię „Mahouka Koukou no Rettousei” z perspektywy Miyuki i innych bohaterek.