„Majuu Sensen: The Apocalypse” to historia o zniszczeniu całego miasta przez dwie potężne istoty. Genzou Kuruma, naukowiec i lider sekty, pragnie obudzić Boga, do czego potrzebna jest specjalna krew. Jego syn, Shinichi Kuruma, oraz młoda dziewczyna, Ayaka Sanders, posiadają tę krew, a celem Genzou jest ich schwytanie. Shinichi, Ayaka oraz Tomizoro uciekają od „Nowych Ludzi” stworzonych przez Genzou – genetycznie zmodyfikowanych ludzi, którzy mogą zmieniać się w potwory. Shinichi, pragnący zemsty na swoim ojcu, posiada moc przywoływania bestii ze swojego ciała. Z tą mocą zamierza walczyć, aż Genzou Kuruma padnie z jego rąk.