„Nabari no Ou” to historia o czternastoletnim Rokujou Miharu, który jest nosicielem tajemniczego i potężnego techniki ninjutsu, „Shinrabanshou”. Jest to technika, która sprawia, że wiele klanów ninja pragnie go posiadać, aby stać się władcą Nabari. Jego kolega z klasy, Kouichi, i nauczyciel angielskiego, Kumohira, są tajnymi ninja z klanu Banten i ślubują chronić Miharu przed wieloma atakami. Mimo początkowej obojętności, Miharu po atakach nie ma innego wyjścia, jak tylko dołączyć do ich grupy ninja, aby przetrwać. Powoli, Miharu zbliża się do zostania władcą Nabari.