„Nagato Yuki-chan no Shoushitsu” to alternatywna rzeczywistość, w której nieśmiała miłośniczka gier i książek, Yuki Nagato, jest prezesem Klubu Literackiego w Liceum North High. Oprócz niej członkami klubu są tylko jej przyjaciele: nadzwyczaj ostrożna Ryouko Asakura i całkiem przeciętny Kyon. Wszystko się zmienia, gdy do klubu dołączają ekscentryczna Haruhi Suzumiya i jej przyjaciel Itsuki Koizumi. Spokojne dni klubu odchodzą w niepamięć, a zamiast tego Yuki i jej przyjaciele zostają wplątani w szereg przygód pod przewodnictwem Haruhi, co zbliża Yuki i Kyona bardziej niż kiedykolwiek.