„Natsu no Arashi!” to opowieść o trzynastoletnim Hajime Yasaka, który przeprowadza się na wieś do swojego dziadka w dzisiejszej Japonii. Na drodze do nowego domu, zgubiony chłopiec trafia do kawiarni Ark, gdzie natychmiast zakochuje się w jednej z kelnerki: olśniewającej Sayoko „Arashi” Arashiyama. Jak się okazuje, Arashi to niezwykła nastolatka – w rzeczywistości jest duchem dziewczyny, która zginęła podczas II wojny światowej. Dzięki kontaktowi z mężczyzną, z którym się łączy, jest w stanie podróżować w czasie. Arashi prosi Hajime o pomoc w swojej misji: ratowaniu cywilów przed zniszczeniem wojny, która pozbawiła ją życia. Zafascynowany Arashi, Hajime zgadza się bez wahania. Ale im bardziej angażują się w przeszłość Arashi, tym bardziej odkrywają, że nie tylko ona ma zdolność do przekraczania granic czasu.