„Aya to Majo” to historia 10-letniej Ayi, która jest zadowolona ze swojego życia w domu dziecka St. Morwald, szczególnie uwielbiana przez wszystkich mieszkańców sierocińca. Jednak jej życie obraca się do góry nogami, gdy zostaje wybrana przez szczególną parę, Bellę Yagę i Mandragorę. Aya szybko odkrywa, że została adoptowana przez prawdziwą czarownicę, która chciała jej tylko jako asystentki i nie rozważała bycia jej rodzicem zastępczym. Głównym wyzwaniem dla Ayi jest zdobycie serc tej, na pozór bezwzględnej, czarownicy i gderliwej Mandragory.